Новгородский владыка при всей своей пылкости и прямолинейности был удручающе непрозорлив. Надо же было понимать, что великий князь был непримиримым борцом с латинством. А Геннадий в своем обличении еретиков прибегал к помощи прелата и с воодушевлением возносил хвалу «шпанскому» королю. С точки зрения Москвы, восторги, расточаемые еретикам-католикам, были столь же неуместны, как и их жертвам. Из-за этой его связи с папистами энергичная деятельность Геннадия не могла иметь желанного успеха. Мало того, совершенно неожиданно для сего неистового обличителя некоторые из еретиков открыто выступили против него. Так, новгородский чернец Захар, пользовавшийся большим влиянием в псковском Немчинове монастыре, повел решительное наступление на владыку, рассылая по городам грамоты с «лайбою» (бранью), обвиняя самого его в ереси. И покровительство ему оказывал не кто иной, как сам великий князь! Когда Геннадий попытался выслать дерзкого чернеца вон, в пустынь, сам Иван Васильевич вступился за Захара и отослал назад, в Немчинов. Этот Захар поставил Геннадия в положение обороняющегося: «Зовет мя еретиком, а яз не еретик», – робко оправдывался он. Видно, что Геннадий принужден был не столько «растерзать утробы» своих врагов, сколько защищать свою собственную особу. Дело дошло до того, что в результате опалы он какое-то время даже не мог выехать в Москву.
Не удивительно поэтому, что Державный отнесся к доносу Геннадия прохладно. Его инквизиторское усердие не встретило поощрения в Кремле. Разногласия в сем вопросе между Новгородом и Москвой были столь значительны, что владыке стало казаться, будто «Новъгород с Москвою не едино православие». Из всех преступлений, инкриминируемых еретикам Геннадием, государь признал только обвинение в иконоборстве и, скрепя сердце, дал ему разрешение «обыскать» и в случае необходимости «понаказать» еретиков. Однако наказанию подверглись лишь несколько (третьестепенных по значению) участников движения, виновных в открытом иконоборстве. Наиболее же видные еретики, так или иначе связанные с великокняжеской властью, никак не пострадали и всемерно противодействовали уничтожению секты.
Но ревнители Христовой веры шли в решительное наступление, и тучи над новгородцами сгущались. В 1489 году новым митрополитом Руси стал Симоновский архимандрит Зосима, которого ортодоксы тут же окрестили «вторым Иудой» за то, что тот не был склонен к жестокой расправе над еретиками. На церковном соборе 149° года (под водительством того же Зосимы) ересь подверглась осуждению, а ее сторонники были названы «сущими прелестниками и отступниками». Еретики упорно отрицали свою вину, но собор лишил их духовного сана, предал проклятию и осудил на заточение. Многих из них отправили к Геннадию в Новгород, и архиепископ распорядился за чинимые святотатства «бить их кнутом», а также встретить их за сорок верст от города, надеть на них вывороченную одежду, шлемы из бересты с мочальными кистями и соломенные венцы с надписью «се есть сатаниново воинство». Их сажали на лошадей лицом к хвосту, а народу было велено плевать на них и улюлюкать: «Вот хулители Христа, враги Божий!». Затем на головах «поганых» зажигали шлемы из бересты…
Для борьбы с «неверными» были наново прочитаны основные церковные книги, и все чуждое православной традиции из них нещадно изымалось. По инициативе неистощимого Геннадия была полностью переведена на русский язык Библия (с изобретением книгопечатания она потом будет напечатана в Остроге в 1580-1582 гг.), а также некоторые полемические сочинения. Свою роль в идейной борьбе с «еретиками» сыграли и составленные преподобным Нилом Сорским Жития Феодора Студита и Иоанна Дамаскина, где открыто осуждалось иконоборчество.
Тема отступничества стала особенно актуальной в 149 году, когда, согласно христианскому исчислению, окончились семь тысяч лет от сотворения мира. Час пришел, а предсказываемый конец света почему-то не наступал, что дало повод к еретическим мыслям, сомнениям в вере, превратным толкованиям Библии. «Если бы Христос был Мессией, – говорили сектанты православным, – то почему же он не является в славе, по вашим ожиданиям?» Понятно, что это было весомым аргументом в пользу учения еретиков.
Изображение семьи Ивана III на шитой пелене того времени
Наиболее ярким, сильным и неустрашимым противником ереси стал игумен Волоцкого монастыря Иосиф (Санин), возгласивший: «Ныне шипит тамо змий пагубный, изрыгая хулу на Господа и Его матерь». Наиболее полно критика сектантов изложена в его сочинении «Просветитель». Он вопиял: «С того времени, как солнце православия воссияло в земле нашей, у нас никогда не бывало такой ереси. В домах, на дорогах, на рынке все, иноки и миряне с сомнением рассуждают о вере, основываясь не на учении о вере пророков, апостолов и святых отцов, а на словах еретиков, отступников Христа: с ними дружат, пьют и едят и учатся у них жидовству». Примечательно, что, составляя сию «книгу на еретиков», преподобный Иосиф был весьма тенденциозен. Он всячески стремился слить воедино «ересь Алексея» и «ересь Федора Курицына», изобразив их единой жидовской ересью, сиречь чистым иудаизмом. Понятно, что обвинение в жидовстве крылось в обычной манере средневековой полемики обвинять своих противников в наиболее зловредных с христианской точки зрения взглядах.
Между тем, его предшественник Геннадий уличал в этом лишь некоторых новгородцев. Что до московских еретиков, то их в «жидовстве» не обвинял никто. Да и трудно было отыскать черты иудаизма в похвалах «апостольских и евангельских», вышедших из под пера Федора Курицына и его товарищей. К тому же, многие факты, приводимые Волоцким, в пользу «жидовства» своих противников, оказывались голословными и доверия не вызывали. Откуда, к примеру, ведомо было, что они хулу на евангельские и апостольские писания изрыгали, если делали это, только встретив кого «из простых», причем с глазу на глаз? Озадачивало и то, почему у этих самых жидовствующих не было малейших признаков иудейской обрядности? Иосиф утверждал, что так повелели сами жиды, дабы держать в тайне свое учение, но было совершенно непонятно, отчего русские вольнодумцы так слепо и безропотно им подчинились. Чтобы доказать свое в ход шли сомнительные, не поддававшиеся проверке факты: якобы Ивашка Черный и Игнат Зубов пустились в бега за море и перед тем обратились в жидовство.